Mário Sérgio montou times vencedores do Furacão
Apesar de nunca ter conquistado nenhum título como técnico do Atlético, a passagem de Mário Sérgio no clube sempre trouxe boas recordações à torcida atleticana. Afinal, nas duas melhores participações do clube no Campeonato Brasileiro, a figura de Mário Sérgio Pontes de Paiva se mostrou presente.
Em 2001, ano do título nacional, Mário Sérgio praticamente montou o elenco campeão brasileiro sob o comando de Geninho. Naquela época, foi possível o Atlético fazer uma pré-temporada entre o fim do Paranaense e o início do torneio nacional. Foi aí que ele planejou o time, montou a vencedora estratégia do 3-5-2 (dada seqüência depois por Geninho), indicou reforços, formou o elenco. O trabalho de Mário Sérgio não suportou uma série de cinco rodadas sem vitórias no Brasileiro, mas seu bom planejamento naquele grupo rendeu frutos meses depois, com a conquista do título nacional.
Em 2003, quando retornou ao Atlético, sua missão prioritária era livrar o time do rebaixamento. Com a missão cumprida, ele planejou o grupo para a temporada seguinte. Em 2004, mais uma vez o trabalho de Mário Sérgio não resistiu a uma derrota, desta vez a perda do título Paranaense para o Coritiba, em plena Arena da Baixada. Mas, mais uma vez, o planejamento de grupo por ele montado foi mantido e aperfeiçoado por Levir Culpi, na campanha vice-campeã brasileira daquela temporada.